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生物安全柜是一種能夠使用戶免受生物危害的初級防護屏障，其主要原理為：流入氣流能夠在前窗處形成氣流屏障，防止生物危害從安全柜的工作區域意外釋放出來，通過下沉氣流在工作區內形成的氣流屏障來提供樣品保護。與此同時，必須按照規范的實驗室操作，才能確保安全柜的最佳安全性能。
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盡量減少對氣流屏障的干擾。避免快速移動，保持動作輕緩。
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使用生物安全柜時，始終保持正確的前窗開口高度。
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日常表面除菌。紫外燈滅菌并不能完全替代清潔工作，安全柜使用后要使用清潔劑對工作臺進行消毒除菌。
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正確著裝，熟練穿戴完整的個人防護裝備。
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注意揮發性有毒化學品的使用，此時生物安全柜必須連接外排管道。
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使用帶有高于操作臺面的擱手架以及符合人體工程學設計的座椅和腳蹬的生物安全柜，人體工學設計能夠減少疲勞。
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遵循正確的無菌操作技術，始終保持從潔凈區域到污染區域的操作順序：工作區在中間，潔凈區和污染區兩邊。
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正確處理廢物和移液器槍頭。在柜內（而不是柜外）將移液器槍頭和廢棄物放入生物危害袋中，防止污染物擴散。
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盡可能在生物安全柜的工作區域內進行操作，避免堵塞工作區前后的進氣格柵。
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生物安全柜年度認證，確保生物安全柜內氣流速度與其他限制因素在安全范圍內。
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在安全柜內使用可消毒記事本，考慮使用智能平板電腦或iPads來代替普通記事本。
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